Σε νέα δήλωσή του λίγες μόλις ώρες μετά τη δημοσιοποίηση της επιστολής του Αρχιεπισκόπου προς τον πρόεδρο της Βουλής και τις έμμεσες αιχμές στο πρόσωπο του Νίκου Φίλη, ο υπουργός Παιδείας προχώρησε σε διορθωτική δήλωση στην οποία υποστηρίζει ότι αναφέρθηκε «σε δύο σκοτεινές περιόδους της ελληνικής ιστορίας, την Κατοχή και τη χούντα, και στον αρνητικό ρόλο που διαδραμάτισαν κορυφαίοι παράγοντες της επίσημης Εκκλησίας».

Ο Νίκος Φίλης επιχειρεί να κατευνάσει τα οξυμένα πνεύματα υποστηρίζοντας στην συνέχεια της δήλωσής του ότι «τα γεγονότα έχουν καταγραφεί, στην ιστορία και τη λαϊκή συνείδηση. Δεν χρειάζεται να αναλωθούμε σε μια ιδεολογική αντιπαράθεση για το παρελθόν», αλλά απεναντίας ότι «το ζητούμενο είναι να βρούμε σημεία συνεννόησης για να βγει η χώρα από την κρίση, να βελτιωθεί στο σύνολό της η εκπαίδευση και να αναμορφωθεί το μάθημα των Θρησκευτικών, ανταποκρινόμενο στις σύγχρονες κοινωνικές και παιδαγωγικές προκλήσεις. Χωρίς κινήσεις αντιπερισπασμού, που ενισχύουν τον αναχρονισμό. Το Υπουργείο Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων βλέπει μπροστά, προσηλωμένο στις αξίες της σύγχρονης, ανεξίθρησκης ανοικτής και δημοκρατικής παιδείας.